1905年，南京铁路局在现南京站区西北角修建了南京铁路南货场（当时称“新街口货场”），并在周边划出用地范围。 1968年建成的南京新火车站位于南京市玄武区龙蟠中路北段东侧、原南京西站南侧，与南京西站隔街相望；是当年南京城市的重要门户和地标性建筑。
1974年和1995年先后分两期对车站进行了扩建改造，形成现在的南京铁路枢纽北站。2005年开始启动南站房改扩建工程，将老南站房拆除并重建全新站房。
2013年1月，南京南站房及附属设施全部完工。 现在的南京火车站为南京铁路枢纽的新任门户，是亚洲最大的交通枢纽之一。整个综合交通换乘中心(GTC)由南京地铁承建，通过地下换乘通道实现与南京地铁一号线、三号线以及机场线（SHAKE）的垂直换乘。
丰媛媛优质答主南京火车站附近有南京地铁1号线、地铁3号线经过，可以乘坐地铁直达新街口等南京市中心区域，十分便捷。
从南京火车站的地下一层出站大厅，有专用的电动扶梯直达南京火车南站的地下一层，就是地铁乘车区域。从地铁车站出来之后，向左走就是1号线开往迈皋桥方向的候车区，向右走是往河定岗方向的候车区域。
除了南京地铁之外，南京火车站还有公交枢纽中心，目前公交5路、14路、29路、31路、43路、55路、68路、74路、83路、84路、91路、119路、300路、Y34路、Y29路、Y37路共16条线路停靠南京站客运枢纽中心内，可以方便的换乘各种公交线路。
另外，南京火车站还有开往上海、杭州、南通、合肥、芜湖、无锡、枣庄、连云港、扬州、镇江、盐城、淮安等市郊地区的市郊列车及快速列车，也可以满足短途游客出行的需求。
